2029, Newport City. Le Major Motoko Kusanagi, femme cyborg ultra-perfectionnée, à la tête de la Section 9, une unité d’élite anti-terroriste, enquête sur un nouveau cyber-virus capable de contrôler les esprits et d’altérer les souvenirs de ses victimes. Le suspect principal, surnommé le « Marionnettiste », à la réputation aussi mystérieuse qu’insaisissable, devient la cible d’une traque intense sur fond de rivalité avec la section 6, à la solde du Ministère des Affaires Etrangères et de son mystérieux Projet 2501. Écoutant sa voix intérieure, Motoko se lance corps et âme dans une quête sans relâche qui l’amènera à questionner son existence et sa part d’humanité.
Dans un futur proche, des hordes d'extraterrestres extrêmement organisés, appelés les Mimics, ont livré une bataille acharnée contre la Terre, réduisant les grandes villes en cendres et causant la mort de millions d'êtres humains.
A quelques jours du début de la saison estivale, les habitants de la petite station balnéaire d'Amity sont mis en émoi par la découverte sur le littoral du corps atrocement mutilé d'une jeune vacancière.
Après avoir été mordu par une araignée génétiquement modifiée, Peter Parker, un photographe, se découvre des pouvoirs surnaturels. Devenu Spider-Man, il engage une lutte sans merci contre le richissime industriel Norman Osborn, alias le Bouffon Vert.
Peter, Raymond et Egon effectuent des recherches sur la parapsychologie. Virés par le Doyen de la faculté, ils décident de fonder une société destinée à chasser les revenants. Son nom : S.O.S. Fantômes.
En 1846, dans le quartier de Five Points, à New York, Père Vallon, leader des Dead Rabbits, est assassiné par le sanguinaire Bill le Boucher, qui dirige les Native Americans. Seize ans plus tard, Amsterdam Vallon revient venger la mort de son père.
John Creasy, un garde du corps, se lie d'amitié avec la fillette dont il doit assurer la protection, mais celle-ci est kidnappée. John se lance alors à la poursuite des ravisseurs. Inflexible, il remonte la piste, se jurant de retrouver sa protégée.