Fin 1944. Le Japon est en train de perdre la guerre. Sur ordre du mystérieux Major Taniguchi, le jeune Hiroo Onoda est envoyé sur une île des Philippines juste avant le débarquement américain. Pour l'Empire, la guerre est sur le point de finir. Pour Onoda, elle s'achèvera 10 000 nuits plus tard.
"Tokyo Sonata" dresse le portrait d'une famille japonaise ordinaire. Le père, licencié sans préavis, le cache à sa famille. Le fils ainé est de plus en plus absent. Le plus jeune prend des leçons de piano en secret...
Izumi est mariée à un célèbre romancier romantique mais leur vie semble n'être qu'une simple répétition sans romance. Un jour, elle décide de suivre ses désirs et accepte de poser nue et de mimer une relation sexuelle devant la caméra.