Alberto Seixas Santos suit, dès 1956, des études d'histoire et de philosophie à l'Université de Lisbonne avant de partir à Paris où il s'inscrit aux cours de la Cinémathèque Française et de la Sorbonne. En 1965-1966, il poursuit son apprentissage des métiers du cinéma en étudiant à la London School of Film Technique.

Parallèlement à son parcours universitaire, Alberto Seixas Santos est critique de cinéma pour de nombreux journaux et magazines portugais (O Tempo e O Modo, Seara Nova, Diario Popular, Diario de Lisboa, Letras e Artes) et réalise en 1968 son premier court métrage intitulé A arte e o ofício de ourives. Au début des années 70, il fonde le Centro Português de Cinema, l'école de cinéma de Lisbonne ainsi que la société de production Grupo Zero.

En 1975, année durant laquelle débute la démocratisation du Portugal, sortent son documentaire As armas e o povo et Douces moeurs, son premier long métrage de fiction présenté au Festival de Berlin. Il enchaîne en 1977 avec un autre documentaire, A lei da terra, et dirige pendant un an l'IPC, l'Institut du film portugais.

En 1982, Alberto Seixas Santos met en scène le drame Gestes et fragments qui sera présenté à la Mostra de Venise. Il s'arrête alors de touner pendant plus de dix ans. C'est durant cette période qu'il est directeur des programmes de la chaîne télévisée portugaise RTP puis député.

Il retourne derrière la caméra en 1992 pour réaliser Paraiso perdido, puis Le Mal en 1999. Ce long métrage à la construction narrative complexe est présenté au Festival de Venise en 2001.