Après des études en production télévisuelle au Columbia College Chicago, John McNaughton commence sa carrière en réalisant des documentaires et des films institutionnels. En 1984, il met en scène Dealers in Death, un documentaire d'une heure retraçant l'histoire du grand banditisme aux États-Unis des années 1930 aux années 1950.
Son premier long métrage de fiction, Henry, portrait d'un serial killer (1986), est inspiré de la vie du tueur en série Henry Lee Lucas. Malgré un budget modeste, ce thriller glauque emmené par un terrifiant Michael Rooker est salué pour sa représentation réaliste et troublante de la violence, ce qui lui vaut une reconnaissance critique internationale.
Fort de ce succès, McNaughton signe en 1991 The Borrower, une œuvre mêlant horreur et comédie noire. Il poursuit en 1993 avec Mad Dog and Glory, une comédie dramatique portée par un casting prestigieux : Robert De Niro, Bill Murray et Uma Thurman. Ce film raconte l’histoire d’un policier timide qui se lie d’amitié avec un gangster.
En 1998, John McNaughton met en scène Sexcrimes, un thriller érotique mettant en vedette Neve Campbell, Denise Richards, Matt Dillon et Kevin Bacon. Ce long métrage, célèbre pour ses nombreux rebondissements, rencontre un grand succès commercial (56 millions de dollars de recettes) et devient une référence du genre.
Parallèlement à sa carrière cinématographique, McNaughton se tourne vers la télévision et réalise des épisodes de séries comme Homicide: Life on the Street et John from Cincinnati. L'épisode Haeckel’s Tale (2006), qu'il signe pour Les Maîtres de l'Horreur, est particulièrement remarqué pour son atmosphère à la fois macabre et gothique.
Depuis les années 2010, John McNaughton se fait plus discret. Son dernier film à ce jour est The Harvest (2013), un thriller avec Michael Shannon et Samantha Morton.
Laurent Schenck