Après une maîtrise de philosophie à l'Université de Lyon, Jean Paul Civeyrac entre à la FEMIS d'où il ressortira diplômé en 1991 avec le court-métrage La Vie selon Luc présenté en compétition au Festival de Cannes.

Une rencontre décisive va marquer son parcours : en Philippe Martin il trouve un producteur et ami qui l'accompagnera au fil de ses films. Il réalise avec son premier long-métrage Ni d'Eve ni d'Adam (1996), une réflexion sociale et amoureuse, et le fait suivre quatre ans plus tard des Solitaires mettant aux prises un homme et son deuil. Grâce à Fantômes, il obtient le Grand Prix du Jury à Belfort en 2001 et, d'inspiration littéraire romantique, il adapte librement Jean de Tinan et réalise Le Doux amour des hommes ou l'impossible rencontre d'un séducteur face à la destinée libre et tragique d'une femme qui lui échappe. Il s'inspire du roman d'Anne Wiazemski Hymnes à l'amour avec son film Toutes ces belles promesses (2003) et le voit récompensé par le Prix Jean Vigo.

Après un retour au court-métrage avec Tristesse beau visage en 2004, Civeyrac cinéaste charnel et cérébral, obsédé par le mythe d'Orphée, réalise le long-métrage A travers la forêt. Il retrouve Cannes en 2010 et projette à la Quinzaine des réalisateurs Des filles en noir, où il offre à deux jeunes actrices (Elise Lhomeau et Léa Tissier) le rôle d'adolescentes à fleur de peau, en proie à un environnement qui ne sait pas les écouter.

Parallèlement, il est directeur du département réalisation de La FEMIS de 2000 à 2010. En 2014, il adapte un roman de Doris Lessing pour la fable sociale Mon amie Victoria, avant de signer en 2018 l'ambitieux Mes Provinciales. Ce récit ample (2h17) en noir et blanc s'attache à suivre le parcours de jeunes cinéphiles et aspirants cinéastes.

Habitué à collaborer avec des jeunes comédiens débutants, Jean Paul Civeyrac dirige l'une des actrices les plus populaires de l'Hexagone en 2022 dans Une femme de notre temps. Sophie Marceau y campe une commissaire de police qui va à l'encontre de sa propre éthique lorsqu'elle découvre que son compagnon lui est infidèle.