Fils d'un employé de la Mutuelle agricole et d'une femme au foyer, Jacques Maillot grandit à Dole puis dans la périphérie de Besançon. Bachelier en 1980, il envisage de devenir journaliste, et, dans cette perspective, intègre l'IEP de Lyon, dont il ressort diplômé, dans la section communication. Il monte alors à Paris et, après avoir échoué au concours d'entrée du CFJ, s'inscrit en fac d'histoire tout en travaillant comme maquettiste. Employé à la Cinémathèque en tant qu'objecteur de conscience, il ne tarde pas à écrire plusieurs scénarios de courts et longs métrages. En 1991, il réalise son premier court, Des fleurs coupées, présenté à Clermont-Ferrand.

Jacques Maillot se fait remarquer grâce à deux moyens métrages, 75 centilitres de prière (Prix Jean Vigo 1994) et Corps inflammables (vu sur la Croisette en 1995), dans lesquels il décrit avec délicatesse les liens complexes unissant une demi-douzaine de personnages, entre amitié, rancœurs et désirs inavoués. Il se lance ensuite dans l'écriture d'un premier long métrage, qui se situe dans la continuité de ses œuvres antérieures. Film-fleuve et choral qui brasse de nombreux thèmes de société (les sans-papiers, l'homosexualité...), interprété par de jeunes acteurs prometteurs (Sami Bouajila, Camille Japy), Nos vies heureuses est l'un des films français en Sélection officielle au Festival de Cannes 1999.

Après une série de projets avortés et de travaux destinés au petit écran (la réalisation de Froid comme l'été, l'écriture des Prédateurs), il signe en 2008 son deuxième long métrage pour le cinéma, Les Liens du sang, polar inspiré de l'histoire des frères Papet, l'un flic (Guillaume Canet), l'autre voyou (François Cluzet). Par la suite, le cinéaste met en scène Daniel Auteuil dans un nouveau drame social intitulé La Mer à boire (2012), confortant ainsi sa réputation de réalisateur engagé.