Titulaire d'un MBA de l'Université de New York, Ismail Merchant fait ses débuts de réalisateur avec le court métrage The Creation of woman, qui est cité à l'Oscar en 1961 et est présenté la même année en sélection officielle au Festival de Cannes.

C'est à l'occasion de cette manifestation qu'Ismail Merchant et James Ivory décident de s'associer pour produire en Inde des films de langue anglaise destinés au marché international. La société Merchant Ivory Productions connaîtra ses plus beaux succès avec Chambre avec vue (1986), Retour à Howards End (1992) et Les Vestiges du jour (1993).

En 1993, Ismail Merchant tourne à Bhopal son premier long métrage, Un héritage exorbitant, l'histoire d'un professeur de collège parti interviewer un grand poète ourdou. Cette adaptation d'un roman d'Anita Desai remporte en 1994 les Prix du Meilleur film, du Meilleur acteur (pour Shashi Kapoo), des Meilleurs décors et costumes au National Film Awards Indiens.

En 1996, il dirige Jeanne Moreau en romancière hantée par un drame familial dans La Propriétaire ainsi que Greta Scacchi en bourgeoise anglaise délaissée par son mari dans Cotton Mary (1999). Ismail Merchant enchaîne deux ans plus tard avec le tournage de The Mystic masseur, un drame dans lequel un jeune instituteur devient guérisseur.