Diplômé de la Shorewood High School et de l'Université du Wisconsin, Jerry Zucker écrit avec son frère David Zucker de nombreux articles humoristiques pour la revue Mad Magazine. Avec leur ami d'enfance Jim Abrahams, ils fondent la Kentucky Fried Theater comedy troupe, qui donne naissance en 1977 à la comédie The Kentucky fried movie réalisée par John Landis. Dans ce film apparaissent déjà les recettes qui font le succès des productions Zucker : une avalanche de gags, des cameos de personnes célèbres, et des parodies burlesques de films.

En 1979, Jerry Zucker co-réalise avec Allan Arkush la comédie musicale Le Lycée des cancres, puis refait équipe en 1980 avec David Zucker et Jim Abrahams pour produire, écrire et diriger leur premier gros succès, Y a-t-il un pilote dans l'avion ?, une parodie des films catastrophes des années soixante-dix. Le trio enchaîne avec Top secret ! (1984), une comédie dans laquelle le jeune Val Kilmer doit déjouer un complot néo-nazi en Allemagne, et Y a-t-il quelqu'un pour tuer ma femme ? (1986) avec Danny DeVito.

Jerry Zucker produit la saga des Y a-t-il un flic pour sauver... - Y a-t-il un flic pour sauver la reine ? (1988) et ses suites - avant d'entamer une carrière seule. Il met en scène Ghost (1990), un mélange de romance, de thriller et de fantastique, Whoopi Goldberg remporte un Oscar pour sa prestation.

Il dirige ensuite Richard Gere, Julia Ormond et Sean Connery dans Lancelot, le premier chevalier, une nouvelle version des Chevaliers de la table ronde. En 2001, Jerry Zucker revient à ses premières amours en réalisant la comédie burlesque Rat race. Ce long métrage, où se côtoient John Cleese, Cuba Gooding Jr. et Rowan Atkinson, retrace le déroulement d'une course, organisée par le propriétaire d'un grand casino à Las Vegas.