Malgré la destruction de l'Etoile Noire, l'Empire maintient son emprise sur la galaxie, et poursuit sans relâche sa lutte contre l'Alliance rebelle. Basés sur la planète glacée de Hoth, les rebelles essuient un assaut des troupes impériales...
La galaxie est en proie à la Guerre des Clones qui oppose les maléfiques Séparatistes et leurs immenses armées d'androïdes à la République. Les Chevaliers Jedi luttent pour maintenir l'ordre et restaurer la paix tandis que de nouvelles planètes succombent chaque jour aux puissances du mal.
Yoda, un maître jedi réputé et respecté, mène une bataille sans merci contre Dark Sidious et ses sbires. Ceux-ci préparent en secret une arme dévastatrice capable de renverser la République.