Bakhtiar Khudojnazarov travaille à Moscou dès l'âge de 17 ans sur l'élaboration d'émissions pour la jeunesse, à la fois en télévision et radio. De 1984 à 1989, il étudie le septième art à l'Académie Nationale du Cinéma de Moscou (le VGIK), profitant de cet apprentissage pour réaliser trois courts métrages.

En 1991, Bakthiar Khudojnazarov signe son premier long métrage, le film d'aventure Bratan, le frere, remarqué dans de nombreux festivals internationaux. Deux ans plus tard, il confirme avec Oeil pour oeil, un drame couronné du Lion d'argent au Festival de Venise. Suivent Luna papa en 1999, puis la comédie Le Costume, réalisée en 2003.