Diplômé de l'Université de cinéma de Toronto, Babak Payami signe deux documentaires et un court-métrage, Vernissage, puis retourne dans son Iran natal après vingt ans d'absence. Sur ses terres, il produit et réalise en 1998 son premier long-métrage, Un jour de plus, récompensé aux festivals de Turin et de Tokyo en 2000.

En 2001, Babak Payami réalise Bulletin secret, pour lequel il obtient le Prix Spécial du Meilleur réalisateur au Festival de Venise. En 2003, il parvient à présenter Silence between two thoughts après s'être vu confisqué les négatifs du film par les autorités iraniennes.