Lorsqu'un agent secret est viré, il ne reçoit pas une lettre des ressources humaines, mais une "Burn Notice". Sans en connaître la raison, l'ex-espion Michael Westen en a été victime et le gouvernement en a fait un indésirable. Aidé de son ex petite amie et de son ancien partenaire, Michael cherche à savoir pourquoi il a été mis sur la touche.
Jeune et idéaliste, le juge Harlin est contraint d'acquitter un criminel. Il se confie au juge Caulfield, et se plaint de l'impuissance de la justice. Celui-ci lui avoue la création d'un tribunal clandestin, qui liquide ces meurtriers innocentés trop facilement lors de leurs jugements.