A bord du vaisseau Voyager, le Capitaine Kathryn Janeway doit trouver le chemin pour ramener son vaisseau et son équipage à la Fédération, après s'être perdu au fin fond de l'univers.
Affecté au commandement de la station orbitale Deep Space Nine, Jake Sisko doit s'assurer du maintient de la paix sur la planète Bajoran, tout juste sortie d'une guerre entre les Bajorans et les Cardassiens.