John A. Davis fonde en 1987 avec son collaborateur Keith Alcorn la société de services DNA productions Inc., qui assure l'écriture, la réalisation et la production de films d'animation en 2D et en 3D. Leur association avec Steve Oedekerk et sa société O Entertainement, débute après le court métrage Johnny Quasar. Conçu, produit, réalisé et animé par John A. Davis, il avait remporté deux Wavey Awards.

John A. Davis a écrit et réalisé en 1997 le premier dessin animée intégralement en 3D diffusé en prime time: Santa Vs. The Snowman, qui remporte la medaille d'or du Festival WorldFest de Houston ainsi que le Lone Star Award. En 1999, il travaille comme directeur de l'animation sur la production Fox Olive and the Other Reindeer, citée pour un Emmy Award (l'équivalent des 7 d'or américains). Il réalise également AJ's Time Travelers pour la chaine UPN et Attack of the 5'2'' woman pour Showtime. Il écrit et réalise en autres titres SUPER DUPER ECO TROOPERS (sorti directement en vidéo), ainsi que les courts métrages de cinéma Hard Edition et The Tale of Nipploless Nippleby, et contribue en tant que producteur et réalisateur à diverses séries de Jingaroo and his Crew, sorties directement en vidéo.

En 2001, il écrit, réalise et produit son premier long métrage d'animation Jimmy Neutron : un garçon génial, basé sur le personnage de son premier court métrage Johnny Quasar.