Titre original Rurôni Kenshin: Sai shûshô - The Final
En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.
Avant de devenir protecteur, Kenshin était un redoutable assassin nommé Battosaï. Après sa rencontre avec l'affable Tomoe Yukishiro, tout commence à changer pour lui.
Le pays est frappé par une épidémie de cécité qui se propage à une vitesse fulgurante. Les premiers contaminés sont mis en quarantaine dans un hôpital désaffecté où ils sont rapidement livrés à eux-mêmes, privés de tout repère.
Deux clans s'affrontent, les Genjis, le clan blanc dirigé par Yoshitsune et les Heike, le clan rouge de Kiyomori, pour la possession d'un trésor caché dans un village de montagne isolé. Un jour, un tueur solitaire et habile débarque dans la ville.