Il semblerait que le développement de Scott ait largement été freiné depuis le décès de son père pompier, quand il avait 7 ans. Il en a aujourd’hui 24 et entretient le doux rêve d’ouvrir un restaurant/salon de tatouage. Sa vie est chamboulée quand sa mère, au crochet de laquelle il vit toujours, se met à fréquenter Ray, lui aussi pompier.
New York City a sombré dans les ténèbres depuis que Shredder et son cruel clan des Foot ont la mainmise sur la ville, des forces de police aux politiciens. Alors que l’avenir semble sans espoir, quatre frères en marge de la société sortent des entrailles de la ville pour accomplir leur destin de Tortues Ninja.