Theodore "Theo" Decker n'a que 13 ans quand sa mère est tuée dans une explosion au Metropolitan Museum of Art. Cette tragédie va bouleverser sa vie : passant de la détresse à la culpabilité, il se reconstruit peu à peu et découvre même l'amour.
Dans un futur proche, un certain Logan, épuisé de fatigue, s’occupe d’un Professeur X souffrant, dans un lieu gardé secret à la frontière Mexicaine. Mais les tentatives de Logan pour se retrancher du monde et rompre avec son passé vont s’épuiser lorsqu’une jeune mutante traquée par de sombres individus va se retrouver soudainement face à lui.