Tout ce que souhaite Clara, c’est une clé. Une clé unique en son genre, celle qui ouvrira la boîte contenant l’inestimable cadeau que sa mère lui a laissé avant de mourir. À la fête de fin d’année organisée par son parrain, Drosselmeyer, Clara découvre un fil d’or qui la conduit jusqu’à cette précieuse clé … mais celle-ci disparaît aussitôt dans un monde étrange et mystérieux.
Cette nouvelle aventure démarre lorsqu’une cyber-attaque révèle l’identité de tous les agents britanniques sous couverture. Johnny English devient alors le dernier espoir des services secrets. Rappelé de sa retraite, il plonge tête la première dans sa mission : découvrir qui est le génie du piratage qui se cache derrière ces attaques.