Sur la Terre dominée par des singes, Caesar, pacifique, doit affronter le général gorille Aldo. Mais une autre menace fait son apparition : des mutants commandés par le gouverneur Kolp.
En 1990, les animaux domestiques et le personnel de service ont disparu au profit des singes-esclaves. Mais ces derniers se révoltent et prennent le pouvoir, sous l'impulsion de Caesar, le fils de cornéluis et Zira...
Cornélius et Zira parviennent à retourner vers le passé, et débarquent au 20e siècle à Los Angeles. Ils y subissent les mêmes tourments que Taylor sur la "planète des singes"...
Brent est envoyé au secours de Taylor mais s'écrase à son tour sur la "planète des singes". Cherchant son compagnon avec l'aide de Nova, il suit sa trace jusque dans la "Zone Interdite" où il découvre une société de mutants humains télépathes...