Après avoir combattu courageusement pour son pays, John Triton, un Marine, est démobilisé contre son gré. Alors qu'il rentre chez lui, sa femme, Kate, est enlevée par le gang du redoutable Rome...
Programmeur anonyme, Thomas Anderson est aussi l'un des pirates les plus recherchés du cyber-space. Il est contacté par un certain Morpheus. Ensemble, ils se lancent dans une lutte sans retour contre la Matrice et ses terribles agents...