A la suite d'une altercation avec un élève particulièrement instable, Trevor Garfield, un professeur de biologie dévoué à sa tâche, est agressé à coups de couteau.
Sur la Terre dominée par des singes, Caesar, pacifique, doit affronter le général gorille Aldo. Mais une autre menace fait son apparition : des mutants commandés par le gouverneur Kolp.