Une terrible catastrophe nucléaire contraint les survivants "privilégiés" à se réfugier dans des Vaults, des bunkers anti-atomiques construits pour préserver l'humanité en cas d'apocalypse. 200 ans plus tard, une jeune femme quitte l'Abri 33 et s'aventure à la surface, à la recherche de son père, dans un monde dévasté et violent.
Les agents spéciaux de la branche new-yorkaise du FBI usent de tous leurs talents et leur expertise pour assurer la protection de la ville et du pays. Les membres de cette unité d'élite combattent aussi bien le terrorisme, le crime organisé que le contre-espionnage.