Après des études d’anglais en 1977 à l’université de Ouagadougou, Idrissa Ouédraogo s’oriente définitivement vers le cinéma en s’inscrivant à l’Inafec (Institut Africain d’Etudes Cinématographiques). Il est major de sa promotion en 1981. En créant sa société de production "Les Films de l’Avenir", il signe son premier court métrage documentaire intitulé Poko.

Après avoir tourné quelques courtes productions documentaires, il part d’abord en URSS compléter ses études cinématographiques à l'Institut fédéral d'État du cinéma de Moscou, puis à l’Idhec-Femis et à la Sorbonne à Paris. Une fois son DEA décroché, Idrissa Ouédraogo signe son premier long métrage, Yam Daabo (Le choix).

En 1989, il accède à la renommée internationale avec Yaaba (Grand-mère), qui obtient le prix FIPRESCI au Festival de Cannes la même année, ex-aequo avec le Sexe, mensonge et vidéo de Steven Soderbergh. L'année suivante, il revient en compétition officielle avec Tilaï (La loi) et remporte le Grand Prix du Festival, la Palme d’Or allant cette année-là à David Lynch pour Sailor & Lula.

Les honneurs ne s’arrêteront pas là puisqu’en 1992, le cinéaste burkinabè obtient le l’Ours d’Argent à la Berlinale pour Samba Traoré. Au 50ème Festival de Cannes, en 1997, Idrissa Ouédraogo revient en compétition avec Kini et Adams, mais repart bredouille. Le film se contentera du prix du meilleur long métrage au 8ème Festival du cinéma africain de Milan.

Homme de théâtre comme de cinéma, il a également mis en scène la pièce d’Aimé Césaire La Tragédie du roi Christophe en 1991 à la Comédie-Française. Il participera également au film collectif 11'09"01 - September 11 en tournant un court métrage de 11 minutes, 9 secondes et une image offrant ainsi une contribution burkinabè à l’ouvrage cinématographique commémoratif des attentats du 11 septembre 2001.

En 2003 et en 2006, Idrissa Ouédraogo signe ses deux derniers longs métrages : La Colère des Dieux et Un Malheur n'arrive jamais seul. Chevalier de l'Ordre des Arts et des Lettres, il s’éteint le 18 février 2018 à 5h30 du matin dans une clinique de Ouagadougou des suites d’une maladie.