Née à Hambourg, Maren Eggert suit des études de théâtre à l’Ecole des Arts vivants Otto Falckenberg de Munich. De 1998 à 2000, elle se produit à la Schauspielhaus de Bochum sous la direction de Leander Haußmann. En 2001, elle fait ses premiers pas au cinéma dans le thriller à succès L'Expérience d'Oliver Hirschbiegel. Deux ans plus tard, la jeune comédienne campe une photographe dans Marseille, une odyssée poétique étrange.

De 2000 à 2009, Maren Eggert est membre de l’ensemble du Théâtre Thalia de Hambourg, où elle collabore avec Michael Thalheimer (Christine dans Liebelei de Schnitzler), Stephan Kimmig (la marquise de Merteuil, dans Les Liaisons dangereuses, Blanche dans Un Tramway nommé Désir), Martin Kušej, Nicolas Stemann ou encore Frank Abt. En 2002, elle reçoit le Prix Boy Gobert de la Fondation Körber, et le prix Ulrich Wildgruber en 2007.

De 2003 à 2010, Maren Eggert joue la psychologue Frieda Jung dans la série policière Tatort, et tourne plusieurs films avec Angela Schanelec, recevant le Prix de la Critique en 2008 pour le drame Die Frau am Ende der Straße (2014). Après avoir joué dans Les Invisibles, la native de Hambourg incarne la mère d'un jeune ayant mystérieusement disparu (puis réapparu) dans J'étais à la maison, mais..., toujours sous la houlette de Angela Schanelec.

En 2022, la comédienne se glisse dans la peau d'une scientifique se prêtant à une expérience en vivant avec un robot à l’apparence humaine parfaite (spécialement programmé pour correspondre à sa définition de l’homme idéal et joué par Dan Stevens) dans I Am Your Man mis en scène par Maria Schrader. Pour l'occasion, elle remporte l'Ours d'argent du Meilleur premier rôle à la Berlinale en 2021. Prochainement, on la verra dans Pas un mot.