Mlle Kobayashi mène une vie ennuyeuse jusqu’au jour où elle sauve la vie d’une dragonne. Pour payer sa dette, cette dernière décide de rester chez Mlle Kobayashi et de se mettre à son service…
Après avoir perdu la vie dans un accident de la route, Kazuma Satô voit apparaître devant lui une ravissante déesse, Aqua. Elle lui propose d’être réincarné dans un autre monde et d’emporter une seule chose avec lui. Kazuma choisit… la déesse !
Shirô Emiya est le fils adoptif de Kiritsugu Emiya, un mage ayant déjà participé à la "Guerre du Saint Graal". Cette guerre oppose 7 mages et 7 Servants, des "âmes héroïques" ramenés à la vie le temps des combats. 10 ans après son père, Shirô participera à une nouvelle guerre entre mages, accompagné du Servant de classe Saber.
Des factions s’affrontant à l’aide de pouvoirs psychiques ont consolidé leur emprise sur les hautes sphères du Japon. Longtemps déchiré par ces guerres claniques, le Japon connaît à présent une période de calme. C’est dans cette paix de façade qu’un membre de la HOMRA, le clan rouge, est sauvagement assassiné.
Charuko et ses amis n'ont jamais vu ou même entendu parler d'humains en dehors de leur île, la Baleine de Boue, voguant à travers la mer de sable. Jusqu'au jour où, au cours de l'exploration d'une île dont la taille est comparable à la leur, Charuko fasse la rencontre d'une fille qui changera son destin.
Dans un univers fantastique, des monstres, appelés Némésis, tombent du ciel. Heureusement, des individus infectés, appelés sorciers, et rejetés par la société, sont là pour se débarrasser des créatures. Seth, un jeune sorcier courageux et têtu, se donne pour mission de trouver le nid de Némesis, le "Radiant".