En 2017, le Japon vit sous le joug de l'empire de Britannia. Rebaptisé "Zone Eleven", le pays subit quotidiennement la terreur de l'occupant qui réprime toute sédition grâce à ses armées de Mécas, les "Nightmare Frames".
La venue des aliens a entrainés la déchéance des samurais avec l'interdiction du port de l'épée. Mais un jeune garcon du nom de Sataka Gintoki, accompagné de ses deux amis Kagura et Shinpachi, décide de vivre et de se battre en tant que hors-la-loi.
A Tokyo, les gangs font la loi. Dans le quartier de Shibuya, le clan de Saru règne en maître... Tandis que les règlements de comptes se font de plus en plus impitoyables, la ville va sombrer dans le chaos...