La venue des aliens a entrainés la déchéance des samurais avec l'interdiction du port de l'épée. Mais un jeune garcon du nom de Sataka Gintoki, accompagné de ses deux amis Kagura et Shinpachi, décide de vivre et de se battre en tant que hors-la-loi.
Yuu Otosaka est un adolescent capable de contrôler entièrement le corps d'une personne durant cinq secondes. Il utilise cette compétence pour rentrer dans un lycée prestigieux. Un jour, il est pris la main dans le sac. Lui et sa sœur Ayumi sont alors contraints d'être transférés dans un établissement pour des étudiants aux capacités surnaturelles.
Rudo vit dans les bas-fonds d'une ville flottante où les pauvres vivent dans l'ombre des riches qui mènent une vie somptueuse en jetant leurs ordures dans un endroit nommé l'abîme. Un jour, il est accusé à tort de meurtre et est condamné à l'exil dans l'abîme, avec le reste des ordures.
Dans un monde futuriste où la population a émigré vers la planète Mars, Carole rencontre la riche Tuesday. Les deux jeunes filles que tout oppose réalisent qu'elles forment le duo musical dont elles ont toujours rêvé.
Sunraku décide de s'attaquer au MMORPG Shangri-La Frontier, un "Greatest Of All Times" aux trente millions de membres inscrits. Il ne se doute pas qu'il va devoir faire preuve de tous ses talents pour venir à bout d'une épreuve encore plus corsée...
Maru et sa garde-du-corps tentent de survivre dans un monde désolé peuplé de pillards et de monstres difformes. Leur objectif : atteindre "le paradis".
2138. "Yggdrasil", le plus célèbre MMORPG au monde est sur le point de fermer. Momonga, jeune geek, attend patiemment l’arrêt du jeu. Cependant, l’heure de fermeture passée, Momonga ne se déconnecte pas et constate que les personnages non jouables se retrouvent peu à peu dotés d’une conscience…
19e siècle. Angleterre. Deux frères orphelins sont recueillis par la famille Moriarty. Albert, le fils aîné de la famille exècre l'aristocratie à laquelle il appartient et voit en l'un des jumeaux l'intelligence et le charisme qui lui manque pour réaliser son projet d'épuration sociale. Il lui propose un marché.