Yona, jeune princesse, mène une vie de rêve. Elle rêve de pouvoir unir sa vie à Soo-Won, son cousin dont elle est secrètement amoureuse. À l'approche de ses 16 ans, tous se préparent à fêter comme il se doit son anniversaire. Mais ce soir-là, une terrible tragédie survient et la vie de Yona va être bouleversée à jamais !
Du collège, Futaba Yoshioka n'a pas vraiment de bon souvenirs. Jugée "très mignonne", elle avait rapidement été jalousée par ses amies et mise à l'écart par toutes les autres filles. De plus, le garçon qu'elle aimait en secret, Kô Tanaka, lui avait posé un lapin alors qu'il l'avait invité. Désormais au lycée, Futaba est bien décidée à changer son image et à repartir de zéro : nouvel établissement, nouvelles amies... Jusqu'à ce qu'elle découvre que Kô est inscrit dans le même établissement qu'elle.
Haruka, Makoto et Nagisa apprennent que leur club de natation de primaire va bientôt être détruit et décident d'y retourner. C'est là qu'ils croisent Rin, ancien membre de leur équipe de relais.
Un matin, alors qu’elle se rend au lycée, Naho reçoit une drôle de lettre… une lettre du futur ! La jeune femme qu’elle est devenue dix ans plus tard, rongée par de nombreux remords, souhaite aider celle qu’elle était autrefois à ne pas faire les mêmes erreurs qu’elle.
Un beau jour, un garçon nommé Keita Amano se voit donner un dispositif connu sous le nom de Yōkai Watch. En l'utilisant, Keita est capable d'identifier et de voir des yōkai, créatures venant d'une autre dimension et normalement invisibles, qui hantent les personnes et causent des méfaits.
À la frontière de l’Orient et de l’Occident se trouve le prospère royaume de Parse, tenu d’une main de fer par le redoutable roi Andragoras. Avec sa frêle carrure et son maniement approximatif des armes, difficile pour le jeune prince Arslân de revendiquer son statut d’héritier au trône.
A Cremona, une série de meurtres étranges a lieu comme par le "Tueur B". Après dix années d'absence, Keith Kazama Flick réintègre la police pour coincer ce tueur.
n jeune mercenaire mi-humain, mi-bête croise un jour la route d'une talentueuse sorcière prénommée Zero. Cette dernière lui promet de réaliser son rêve - redevenir humain.
Mlle Kobayashi mène une vie ennuyeuse jusqu’au jour où elle sauve la vie d’une dragonne. Pour payer sa dette, cette dernière décide de rester chez Mlle Kobayashi et de se mettre à son service…