The End of Evangelion est un film divisé en deux parties proposant une version des épisodes 25 et 26 de Neon Genesis Evangelion, épisodes finaux de la série qui ont suscité de nombreuses réactions de mécontentement chez les fans.
Chaque année, un village organise une fête en l'honneur du Pokémon légendaire Lugia. Mais alors qu'une menace pèse sur les festivités, Sacha et Pikachu décident de mener l'enquête pour démasquer les individus déterminés à jouer les troubles-fêtes.
Trois histoires d'amour basées sur un spectacle de poupées du théâtre Bunraku et dont les protagonistes sont un couple heureux forcé de faire un choix tragique, un chef yakuza nostalgique, et une ancienne star de la musique harcelée par un fan.