Brésil, 1977. Marcelo, un homme d’une quarantaine d’années fuyant un passé trouble, arrive dans la ville de Recife où le carnaval bat son plein. Il vient retrouver son jeune fils et espère y construire une nouvelle vie. C’est sans compter sur les menaces de mort qui rôdent et planent au-dessus de sa tête…
Dans un futur proche… Le village de Bacurau dans le sertão brésilien fait le deuil de sa matriarche Carmelita qui s’est éteinte à 94 ans. Quelques jours plus tard, les habitants remarquent que Bacurau a disparu de la carte.
Clara, 65 ans, est critique de musique retraitée. Veuve, elle a trois enfants aujourd'hui adultes et vit dans dans un appartement plein de disques et de livres situé dans l'immeuble "Aquarius". Mais Clara a un talent particulier : elle voyage dans le temps...
À Picuí, au Brésil, des scientifiques tentent d’éradiquer le moustique Aedes aegypti — vecteur de la dengue — au moyen d’une expérience utilisant de l’uranium. Lorsque le plan échoue, une chercheuse brésilienne doit stopper la catastrophe avant qu’il ne soit trop tard.