Franck Magnier commence sa carrière comme scénariste à la télévision, pour Les Guignols de l'info, entre 1996 et 2000, où il fait notamment équipe avec Bruno Gaccio et Alexandre Charlot.

Après une très courte apparition en tant qu'acteur dans le film La Confusion des genres (2000), Franck Magnier commence à écrire pour le cinéma, cosignant avec Alexandre Charlot le scénario de Maléfique, un film carcéral fantastique d'Eric Valette avec Clovis Cornillac. Six ans plus tard, il scénarise Astérix aux Jeux Olympiques et coécrit avec Alexandre Charlot, son partenaire de toujours, ainsi que Dany Boon, le très lucratif Bienvenue chez les Ch'tis.

Fort de cet immense succès, il poursuit son parcours de scénariste dans le registre comique avec RTT, de Frédéric Berthe, puis s'essaie au thriller avec Une affaire d'Etat, d’Eric Valette.

En 2010, il passe, avec Alexandre Charlot, du côté de la réalisation, en tournant Imogène McCarthery, une comédie policière loufoque dans laquelle Catherine Frot incarne une secrétaire chargée d'une mission secrète. Deux ans plus tard, c'est encore une fois ensemble qu'ils réalisent l'adaptation de la bande dessinée Boule et Bill, avec Marina Foïs et Franck Dubosc dans les rôles des parents de Boule, et la voix de Manu Payet qui incarne le chien Bill.