Lola Doillon a souhaité écrire une histoire d’amour et, en parallèle, elle s’est vu proposer plusieurs sujets autour de l’autisme. Elle a alors entendu parler de ces personnes qui avaient eu un diagnostic tardif et a écrit dans la foulée le personnage de Katia, autiste sans déficience intellectuelle : " Comment on fait quand on s’aime, mais qu’on n’arrive pas à vivre cette relation ? Plus généralement, cela m’emmenait à réfléchir à comment vivre une histoire d’amour quand on ne rentre pas dans les codes de notre société", confie-t-elle.
Cela faisait près de dix ans que Lola Doillon n’avait pas réalisé de long-métrage, depuis Le Voyage de Fanny, en 2016.
Pour écrire le scénario, Lola Doillon a fait de longues recherches sur l’autisme chez les femmes qui, souvent, ont un diagnostic tardif et qui, pour certaines, se rendent compte de leur autisme qu'à près de 30 ans, en ayant eu toute leur vie des relations sociales compliquées, sans explication. La réalisatrice a ainsi rencontré plusieurs personnes concernées ainsi que des spécialistes, à qui elle a fait relire le scénario pour être la plus crédible possible.
Dans un premier temps, la directrice de casting, Constance Demontoy, a fait appel à de rares agences spécialisées dans des "acteurs ou actrices atypiques". Mais finalement, Lola Doillon a rencontré Jehnny Beth, qui s’est imposée à elle. Pour Thibaut Evrard, c’est également la directrice de casting qui lui a parlé de lui et, dès la première rencontre, la réalisatrice a trouvé le couple évident.
Lola Doillon a travaillé conjointement avec Jehnny Beth pour définir les particularités de l’héroïne, ainsi que la justesse du rôle. La comédienne est également partie à la rencontre de femmes autistes afin de mieux cerner son personnage, et la réalisatrice a ensuite fait de nombreuses répétitions avec ses acteurs. Elle confie même que c’est la première fois qu’elle répète autant en amont et de manière aussi précise.
Si Différente est plutôt fidèle au scénario de base, Lola Doillon n’a pas hésité à faire plusieurs prises et a cherché de nouvelles choses au moment du tournage, grâce notamment à la longue préparation en amont.
Le tournage a eu lieu à Nantes car Lola Doillon préfère tourner en dehors de Paris lorsque cela est possible : " Les financements m’ont amenée en Région des Pays de la Loire. J’ai choisi de tourner à Nantes, qui proposait un large éventail de décors", déclare-t-elle. Elle a ainsi abordé la ville de manière quasi sociologique, en partant à la rencontre des habitants, en explorant la ville, afin de pouvoir ensuite y placer ses personnages.
Le tournage a eu lieu au mois de février, alors que la météo s’est montrée souvent capricieuse, avec de la pluie et le ciel gris. Pour pallier cette morosité, Pierre Milon, le chef opérateur a privilégié les lieux lumineux avec de nombreuses fenêtres, et, concernant les costumes, ceux de Katia sont toujours colorés, privilégiant le rouge.
Le chanteur underground Johnny Montreuil fait une apparition dans son propre rôle dans Différente.
Pour être la plus proche possible des personnages et notamment de Katia, Lola Doillon a privilégié la caméra à l’épaule notamment quand la jeune femme sort de chez elle.
Au fil de ses entretiens en amont du tournage, Lola Doillon a découvert que beaucoup d’autistes écoutaient du hard rock et du métal. Si Katia écoute cette musique de manière intradiégétique, la réalisatrice a voulu contraster avec ce "gros son" en utilisant une bande-originale plus douce, composée par le groupe Code, comme elle le raconte : " En cohérence avec ce film où il y a peu de personnages, l’idée était de partir avec peu d’instruments, mais de choisir ceux qui pouvaient retranscrire le plus le côté humain, majoritairement des instruments à cordes et à vent".