Shizuku Tsukichima, une collégienne de 14 ans, est une jeune fille rêveuse qui adore les romans et les contes. Elle emprunte souvent des livres à sa bibliothèque. Mais un jour, sur les fiches d’emprunt des romans, elle remarque qu’un mystérieux Seiji Amasawa lit exactement les mêmes ouvrages avant elle. Shizuku décide alors d’en savoir plus sur cet inconnu et fait par hasard la connaissance d’un jeune garçon qu’elle trouve tout d’abord très exaspérant… Quelle n’est pas surprise lorsqu’elle découvre qu’il s’agit de Seiji Amasawa...
2029, Newport City. Le Major Motoko Kusanagi, femme cyborg ultra-perfectionnée, à la tête de la Section 9, une unité d’élite anti-terroriste, enquête sur un nouveau cyber-virus capable de contrôler les esprits et d’altérer les souvenirs de ses victimes. Le suspect principal, surnommé le « Marionnettiste », à la réputation aussi mystérieuse qu’insaisissable, devient la cible d’une traque intense sur fond de rivalité avec la section 6, à la solde du Ministère des Affaires Etrangères et de son mystérieux Projet 2501. Écoutant sa voix intérieure, Motoko se lance corps et âme dans une quête sans relâche qui l’amènera à questionner son existence et sa part d’humanité.