Chihiro, une fillette de 10 ans, est en route vers sa nouvelle demeure en compagnie de ses parents. Au cours du voyage, la famille fait une halte dans un parc à thème qui leur paraît délabré. Lors de la visite, les parents s’arrêtent dans un des bâtiments pour déguster quelques mets très appétissants, apparus comme par enchantement. Hélas cette nourriture les transforme en porcs. Prise de panique, Chihiro s’enfuit et se retrouve seule dans cet univers fantasmagorique ; elle rencontre alors l’énigmatique Haku, son seul allié dans cette terrible épreuve...
Yosuke, qui a perdu son travail, quitte Tokyo pour se rendre dans la ville portuaire de Noto, où il espère trouver le trésor dont lui a parlé un ami récemment décédé. En arrivant sur place il rencontre Saeko, une jeune femme dont il tombe rapidement amoureux et découvre peu à peu ses secrets...
A Metropolis, une cité futuriste, les humains cohabitent avec les robots. Le gigantesque gratte-ciel Ziggurat abrite les élites de la société, tandis que les pauvres et les robots sont condamnés à une vie souterraine. Le détective Shunsaku Ban enquête sur un trafic d'organes humains et fait la rencontre du docteur Laughton, un scientifique rebelle. Ce dernier a conçu Tima, une merveilleuse fillette qui est aussi un androïde d'un nouveau genre. Celle-ci est destinée à trôner au sommet de Ziggurat...