Le sorcier Septimus est en possession d'un Cube magique et menace de troubler la paix de la Colline du Dragon. Elfy, Kevin et Ethelbert vont devoir lui faire face une nouvelle fois.
Pour fuir la sévérité de sa gouvernante, Phillip, plus connu sous le nom de Lippel, plonge par magie dans les contes des mille et une nuits. Il devient alors un brave chevalier qui porte secours à un royaume dirigé d'une main de fer par la belle-sœur du roi.
La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".