A la fin des années 1890. Adeline, une jeune femme britannique donne un refuge à un ancien collègue de l'école de médecine, un homme qui s'est rendu invisible. Alors qu'il s'isole de plus en plus et que sa santé mentale en pâtit, il projette de faire régner la terreur dans toute la ville - et Adeline est la seule à savoir qu'il existe.
1999, l'Année de la Destinée. L'avenir du monde réside dans les mains d'un seul homme, Kamui Shirô, qui doit détruire l'un des deux dragons de la terre et du ciel. Il doit décider seul si l'humanité doit disparaître et laisser place à un univers purifié ou protéger les civilisations existantes...
Lors d'une "fête des affinités", soirée destinée aux célibataires, un jeune homme, Kong, et une jeune fille, Yan Yan, se croisent à plusieurs reprises, sans s'apercevoir qu'ils sont faits l'un pour l'autre. Bientôt, Kong est assassiné par des gangsters. Son fantôme demande alors à Yan Yan de remonter le temps avec lui afin d'empêcher sa mort...
Dans la petite bourgade de Statler, en Pennsylvanie, le jeune Ned Wilcox tente de connaître les circonstances exactes de la mort de son père policier. Ses investigations vont le mener vers une étrange Buick laissée à l'abandon dans un hangar.
Enseignant, Shinichi n'est respecté ni dans son travail (ses élèves se moquent de lui) ni dans sa famille (sa femme le trompe). Exaspéré par cette morne existence, il décide de se fabriquer le costume de Zebraman, le super-héros de son enfance et de partir à l'aventure...