Un jeune prodige du codage de 12 ans, est recruté par un agent excentrique du MI6 pour rejoindre les City Spies, une équipe d'enfants du monde entier. Lorsqu'ils ne sont pas au pensionnat, ils apprennent à maîtriser les techniques d'espionnage pour se rendre dans des endroits du monde auxquels les adultes n'ont pas accès.
Le professeur Menzel a perdu sa fille durant la seconde guerre mondiale. En visitant une exposition de peintures, il la reconnait dans un des portraits. Il part à sa recherche et la retrouve dans un camp de déportés, où un nazi l'a adoptée profitant de son état amnésique.