Des archéologues découvrent le fossile d'un gigantesque dinosaure, baptisé Yonggary. Le docteur Huges, spécialiste en créatures préhistoriques, affirme que cette créature n'est pas un dinosaure. Des extraterrestres débarquent alors et se servent du monstre pour détruire la Terre.
Le diabolique Professeur Klon est de retour. Cette fois-ci c’est pour contrôler l’approvisionnement en eau potable de la terre qu’il menace d’empoisonner selon un plan baptisé “Black Planet”. Dans 72 heures, l’eau deviendra noire et polluée. Heureusement que Cicakman veille dans la mégalopole de Metrofulus.