Fils des acteurs Rade et Oliveira Markovic, Goran Markovic étudie le cinéma à Prague entre 1965 et 1970. Il travaille ensuite pour la télévision et écrit également des pièces de théâtre qu'il met en scène. Il enseigne l'art dramatique à Belgrade depuis 1979.

Son premier long métrage de fiction, L' Education spéciale, reçoit 14 prix au festival de Pula en 1976. Mais il met quelques années avant d'être reconnu dans son propre pays. Les coproductions françaises Tito et Moi et Tragedie burlesque ont été primés respectivement au Festival de San Sebastian en 1992 et au Festival de Montréal en l'an 2000. Serbie, année zéro marque un tournant dans sa carrière puisque c'est une production française avec des comédiens français.