Enfant attiré par le dessin, Sébastien Lifshitz s'oriente d'abord vers le monde de l'art contemporain : après un passage à l'Ecole du Louvre et à la Sorbonne en Histoire de l'art, il travaille auprès du conservateur Bernard Blistène au Centre Pompidou. Il réalise en 1993 son premier court métrage, Il faut que je l'aime, et signe deux ans plus tard un documentaire sur Claire Denis dans le cadre de la collection Cinéastes de notre temps. Il sera l'assistant de celle-ci sur Nénette et Boni.

Comme la réalisatrice de Beau travail, Sébastien Lifshitz est moins intéressé par les dialogues que par la représentation des corps, comme en témoigne son moyen métrage très remarqué, Les Corps ouverts, Prix Jean Vigo 1996. Ce portrait d'un ado en plein questionnement révèle Yasmine Belmadi, acteur-fétiche du cinéaste, disparu en 2009.

Belmadi joue le rôle principal des Terres froides, téléfilm qui mêle lutte des classes et sexualité, tourné pour la série d'Arte Gauche-Droite. Après cette fiction hivernale, Lifschitz réalise l'estival Presque rien (2000), son premier long métrage de cinéma, une histoire d'amour tendre et douloureuse entre deux garçons. Il change de registre, tout en restant dans le domaine de l'intime, avec le documentaire La Traversée (2001) : il y filme son ami scénariste Stéphane Bouquet, parti aux Etats-Unis à la recherche de son père. Lifshitz revient à la fiction en 2003 avec Wild Side, qui évoque les relations unissant une transsexuelle, un émigré russe et un prostitué arabe. Cette oeuvre discrètement audacieuse est une nouvelle réflexion sur l'identité, tout comme Plein sud (2009), road movie initiatique interprété par des nouveaux venus dans son univers, Yannick Renier, Léa Seydoux et Nicole Garcia.