Après avoir purgé une peine de trois ans pour homicide, Muraki réintègre son clan de yakuzas à Tokyo. En reprenant ses activités clandestines, il fait la connaissance de Saeko, qui fréquente son cercle de jeux. Muraki est bientôt fasciné par cette énigmatique jeune femme...
Province d’Echizen, été 1913. En route vers Kyoto, le professeur Yamasawa traverse un village frappé par la sécheresse, perdu au milieu des montagnes. À proximité se trouve l’étang du Démon, objet de superstitions de la part des habitants...
Au XVIIème siècle, deux prêtres portugais débarquent sur les côtes japonaises. Leur but est d'infiltrer la communauté chrétienne contrainte à la clandestinité par les autorités féodales, et de réimplanter l'Eglise dans ce pays insulaire isolé...