Christophe Ruggia grandit à Marseille entre une mère bretonne et un père pied-noir qui meurt accidentellement à Alger alors qu'il n'a que sept ans. Après une formation au Conservatoire Libre du cinéma français, il tourne plusieurs courts métrages dont Sovè l’anmou dans le cadre de la campagne pour la lutte contre le sida aux Antilles. Deux autres de ses films sont très remarqués : L' Enfance égarée et Quatre légendes urbaines.

Le réalisateur est distingué en 1993 par la fondation Marcel Bleustein-Blanchet. Et c'est en 1997 qu'il passe au long métrage avec Le Gone du Chaaba, une adaptation du livre autobiographique d'Azouz Begag, fils d'immigrés algériens analphabètes qui a grandi dans les bidonvilles de Villeurbanne. Cette oeuvre reçoit de multiples récompenses dans des festivals internationaux. Il revient au cinéma en 2001 avec Les Diables dont le sujet porte à nouveau sur l'enfance.

En 2012 sort son troisième long métrage, Dans la tourmente, un polar social emmené par Clovis Cornillac, Mathilde Seigner et Yvan Attal. Malgré son casting et son scénario brassant des thématiques séduisantes comme le braquage, la lutte des classes ou le triangle amoureux, le film est un échec cuisant au box-office (moins de 100 000 entrées sur le sol français).

Début novembre 2019, Adèle Haenel assure avoir été victime d'attouchements et de harcèlement sexuel de la part de Christophe Ruggia, et ce entre 2001 et 2004. L'actrice, qui l'avait rencontré à l'occasion du tournage des Diables (son premier film), était mineure au moment des faits. Si, pour le moment, le metteur en scène clame son innocence, plusieurs personnes ayant travaillé sur le long métrage confirment la version d'Adèle Haenel.