Après des études de réalisation au Collège de Cinéma et de Télévision de Téhéran, Jafar Panahi réalise plusieurs courts et moyens métrages pour la télévision de son pays. En 1992, il met en scène le téléfilm L'Ami, puis est engagé comme assistant d'Abbas Kiarostami sur Au travers des oliviers.

En 1995, d'après un scénario de son ami Kiarostami, il réalise son premier long-métrage, Le Ballon blanc, qui remporte la Caméra d'Or à Cannes la même année. Il signe ensuite Le Miroir, un documentaire "cinéma-vérité" dans lequel il retrouve l'actrice Aida Mohammadkhani pour la deuxième fois, après Le Ballon blanc. Le film remporte le Léopard d'or au Festival de Locarno 1997. Trois ans plus tard, le cinéaste décroche le Lion d'or à Venise pour Le Cercle (2000).

En 2003, Jafar Panahi met en scène son quatrième long métrage Sang et or, qui raconte le drame d'un modeste livreur de pizzas mettant la main sur un sac de billets. Trois ans après sort Hors jeu, dans lequel des femmes tentent d'assister à un match en dépit de leur interdiction de stade. Les multiples dénonciations que Panahi organise contre le régime iranien lui valent d'être considéré comme subversif.

En 2010, Panahi est arrêté et condamné à six ans de prison pour "propagande contre le régime" et interdit de réaliser des films pendant 20 ans. Malgré cette interdiction, il continue à créer clandestinement. Il réalise ainsi Ceci n'est pas un film (2011), Pardé (2013) et Taxi Téhéran (2015), ce dernier remportant l'Ours d'or à la Berlinale. En 2018, il reçoit le prix du scénario à Cannes pour Trois Visages.

En 2022, Jafar est de nouveau emprisonné, mais libéré en février 2023 après une grève de la faim. En 2025, il revient sur la scène internationale en remportant la Palme d'or au Festival de Cannes pour Un simple accident, un drame franco-luxo-iranien critiquant le régime iranien, réalisé sans autorisation officielle. Ce film marque son retour triomphal et souligne son engagement indéfectible pour la liberté d'expression et la justice sociale.