Le capitaine Riley Hale, pilote d'essai dans l'armée américaine, est en fervente admiration devant le major Vic Deakins, avec lequel il fait équipe. Sa ferveur est stoppée net le jour ou, en mission ultrasecrète a bord d'un bombardier furtif B-3 qui transporte deux missiles à ogives nucléaires opérationnels, Deakins le menace d'un pistolet ...
Sur la Terre dominée par des singes, Caesar, pacifique, doit affronter le général gorille Aldo. Mais une autre menace fait son apparition : des mutants commandés par le gouverneur Kolp.
En 1990, les animaux domestiques et le personnel de service ont disparu au profit des singes-esclaves. Mais ces derniers se révoltent et prennent le pouvoir, sous l'impulsion de Caesar, le fils de cornéluis et Zira...