Après un bac philo, Philippe Muyl se destine à des études d'arts graphiques en Belgique puis intègre l'Ecole Supérieure de Publicité de Paris. Dans le milieu publicitaire, il travaille successivement comme directeur artistique en agence chez Publicis et Elvinger et comme concepteur-rédacteur chez DDB, Havas, avant de devenir cofondateur d'Interligne, une société de création de design, et de Synchronie Productions, une société de production audiovisuelle.

A partir de 1976, Philippe Muyl réalise de nombreux films industriels et spots publicitaires produits par Synchronie Productions. Il dirige L'Ecole des chefs, un court métrage de fiction, puis enchaîne avec un premier long métrage intitulé L' Arbre sous la mer. Interprété par Christophe Malavoy et Julien Guiomar, ce conte fantastique mettant en scène une jeune fille et un dauphin est présenté en sélection officielle au Festival de Berlin 1985. Philippe Muyl traitera à nouveau de la relation entre animaux et êtres humains à travers la comédie La Vache et le Président sortie en 2000.

En 1993, celui-ci connaît son premier grand succès en portant à l'écran Cuisine et dépendances, la pièce de théâtre de Jean-Pierre Bacri et Agnès Jaoui. En 1997, il continue dans le registre de la comédie en dirigeant un casting alléchant composé de José Garcia, Elie Semoun, Didier Bourdon, Ophélie Winter et Yolande Moreau, pour les besoins de Tout doit disparaître. Dans un genre plus émouvant, il met en scène en 2002 Le Papillon, une histoire d'amitié entre un vieil homme collectionneur de papillons (Michel Serrault) et une fillette de huit ans (Claire Bouanich).