Alain Guesnier débute sa carrière de réalisateur en 1977 en mettant en scène son premier court métrage intitulé Noces noires. La même année, il fonde la société Forum Films avec Gabriel Auer. De 1979 à 1985, il dirige le secteur production de Copra-Films, et en 1986, il fonde la société de production Agat Films.

Parallèlement, Alain Guesnier réalise de nombreux documentaires : 74 rue de Boissy (1978), Adieu Pyrénées (1979), En cherchant Emile (1981), Pierre Etaix (1985) et Electra (id.), 04 230 - Alpes de Haute Provence (1987) et Variétés (1989). En 1991, il dirige son premier téléfilm pour Arte, Le Cri du cochon, avec Jean-Pierre Darroussin et Catherine Lachens.

Alain Guesnier s'oriente ensuite davantage vers le cinéma. En 1998, il tourne Le Serpent a mangé la grenouille, l'histoire d'un homme à tout faire qui bouscule le quotidien de ses employeurs, avec dans les rôles principaux Jean Rochefort et Marisa Paredes. Trois ans plus tard, il crée une autre société de production, Agora Films, puis en 2002, il dirige Laurent Lucas et Julie Julien dans la comédie Va, petite ! qui remporte le Prix Spécial du Jury Ecran Junior à Cannes en 2003.