Né en Californie, Jackie Earle Haley commence pourtant sa carrière cinématographique sous la direction d'un Français, Jacques Deray, dans Un Homme est mort en 1972, aux côtés de Jean-Louis Trintignant et Roy Scheider. Il enchaîne ensuite les brèves apparitions dans des séries télévisées comme Shazam! ou La planète des singes. Pendant le reste des années 1970, le comédien est ensuite Kelly Leak dans la trilogie The Bad News Bear et tient des seconds rôles dans les films Le Jour du fléau de John Schlesinger (1975) et La Bande des quatre de Peter Yates (1979).

Après avoir donné la réplique à Tom Cruise dans American Teenagers, sa carrière d'acteur souligne un net ralentissement, où Haley se retrouve dans des films de série B et interprétant des rôles éphémères dans les séries MacGyver ou Le Rebelle. Après douze années de flottement, période durant laquelle il réalise de nombreux spots publicitaires, l'acteur réapparaît enfin sur grand écran en 2006 dans Les Fous du roi de Steven Zaillian grâce au soutien de Sean Penn, puis dans Little Children, dont son interprétation du pédophile en réinsertion lui vaut une nomination à l'Oscar du Meilleur second rôle en 2007. Avec ce regain de notoriété, il accumule les tournages, à commencer par ceux de Winged Creatures et de Semi-Pro.

En 2009, Jackie Earle Haley trouve enfin le rôle qui le révèle auprès du grand public avec le personnage de Rorschack dans le spectaculaire Watchmen - Les Gardiens de Zack Snyder. L'année suivante, il joue dans deux autres films importants : d'abord dans Shutter Island de Martin Scorsese, ensuite dans le remake des Les Griffes de la Nuit, où il interprète ni plus ni moins que le célèbre tueur cauchemardesque, Freddy Kruger. Son apparence atypique lui vaut d'incarner la plupart du temps des personnages au physique difficile, souvent effrayants (délinquant sexuel, psychopathe, serial killer). Une tendance qui se confirme avec son rôle dans Dark Shadows de Tim Burton, où il prête ses traits au serviteur Willie Loomis, ex-truand vivant de petits larcins et particulièrement impopulaire auprès des femmes.