Fils du comédien José Ferrer et de la chanteuse Rosemary Clooney, et cousin de George Clooney, Miguel Ferrer se destine à ses débuts à une carrière musicale : il est notamment batteur sur l'album Two Sides of the Moon de Keith Moon en 1974. Bifurquant vers la comédie, il s'illustre ponctuellement dans quelques séries phares des années 80 (Magnum, CHIPS, Rick Hunter, Deux flics à Miami) avant d'obtenir son premier rôle majeur dans le Robocop de Paul Verhoeven : arrogant, ambitieux et visionnaire, il y incarne Bob Morton, pur produit des années 80 et créateur du cyborg "50% homme 50% machine 100% flic".

C'est toutefois sur petit écran que Miguel Ferrer fera l'essentiel de sa carrière, imposant sa "gueule" dans différentes séries : il sera ainsi l'impitoyable et grossier agent du FBI Albert Rosenfield dans Twin Peaks (un rôle qu'il devait reprendre dans la suite de la série en mai prochain), la première recrue du Diable dans Le Fléau adapté de Stephen King, le peintre tyrannique Andre Zeller de la dernière saison de Desperate Housewives, ou le patron du département de médecine légale de la police dans les six saisons de Preuve à l'appui. De 2011 à 2017, durant six saisons et 105 épisodes, il a incarné le Directeur adjoint Owen Granger dans NCIS : Los Angeles.

Parmi ses autres rôles notables, on retiendra les films Star Trek III en officier de l'USS Excelsior, Revenge face à Kevin Costner, le remake de Nikita Nom de code: Nina, la comédie loufoque Hot Shots! 2, le récent Iron Man 3 ou encore le Traffic de Steven Soderbergh ; et sur petit écran sa présence aux génériques des séries Le Bluffeur, Broken Badges, Les Contes de la Crypte, Bionic Woman et The Protector, souvent dans des rôles cyniques et austères. Egalement réalisateur (il a signé quatre épisodes de Preuve à l'appui), Miguel Ferrer s'illustre vocalement dans de nombreuses séries d'animation (Batman, Superman, The Spectacular Spider-Man, Jackie Chan) et a prêté son timbre grave aux méchants de Mulan et Rio 2.