La venue des aliens a entrainés la déchéance des samurais avec l'interdiction du port de l'épée. Mais un jeune garcon du nom de Sataka Gintoki, accompagné de ses deux amis Kagura et Shinpachi, décide de vivre et de se battre en tant que hors-la-loi.
Juin 1983. Keiichi Maebara vient emménager et lieravec quatre de ses camarades de classe qui l'acceptent dans leur club d'amateurs de jeux de société. Leur bonne entente commence à se détériorer quand Keiichi apprend qu'un meurtre horrible a été commis quatre ans auparavant.
A Tokyo, les gangs font la loi. Dans le quartier de Shibuya, le clan de Saru règne en maître... Tandis que les règlements de comptes se font de plus en plus impitoyables, la ville va sombrer dans le chaos...