Oeuvre dense, Matrix fait bien évidemment appel à de nombreuses références et cultures diverses. On y retrouve ainsi des éléments littéraires (le conte initiatique,
Alice au Pays des merveilles), philosophiques (
La Caverne de Platon, l'oeuvre de Baudrillard) et mythologiques (la thématique de l'Elu, l'Oracle...), mais également tirés des
comic-books, de l'animation japonaise (
Akira,
Ghost in the Shell) et du jeu vidéo (le film est construit sur une série de choix : se faire arrêter ou fuir, prendre la pilule bleue ou la rouge, partir sauver Morpheus ou le laisser)... Autant d'éléments qui font de
Matrix une oeuvre hybride, à la frontière du cinéma, de la bande dessinée, du conte et du jeu vidéo.